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Matthieu Bonnivard
Lundi 18 Mars 2019
Matthieu Bonnivard (Université Paris Diderot)
Optimisation de la forme des aquaporines : modélisation et résultats numériques
Résumé :
Les aquaporines sont des protéines membranaires formant des pores perméables aux molécules d’eau dans les membranes biologiques. Ces protéines présentent une géométrie caractéristique en sablier : elles sont constituées d’un canal central, de diamètre comparable à la dimension d’une molécule d’eau, qui s’élargit en entrée et sortie par deux vestibules de forme conique.
Dans des publications récentes, des équipes de physiciens de la matière molle (soft matter) ont étudié l’influence de l’angle formé par ces embouchures coniques, sur la perméabilité des nanopores, et mis en évidence l’existence d’un angle optimal.
Dans cet exposé, nous présenterons une méthode numérique d’optimisation de forme permettant d’améliorer ce résultat, en pratiquant une succession de déformations continues des parois des régions d’entrée/sortie. Il s’agit d’un travail en collaboration avec Florian Omnès et Yannick Privat.