Bienvenue - Laboratoire Jacques-Louis Lions

Depuis le jeudi 12 mars 2020, un groupe de travail (virtuel) de mathématiciennes et mathématiciens appliqué(e)s s’est constitué pour évaluer les modèles qui ont été développés dans nos laboratoires (LJLL et LPSM en particulier) pour appréhender le problème Covid-19 à toutes ses échelles, allant du comportement moléculaire au niveau de la progression mondiale.

L’idée est d’échanger, avec des spécialistes du sujet et entre nous, pour adapter et améliorer les modèles mathématiques existants et proposés par les collègues qui travaillent sur cette thématique afin de

• voir si ces modèles permettent d’aller un peu plus loin que, par exemple les distributions de Weibull,
• éventuellement proposer des idées aux experts (en discussion avec eux), et si possible soutenir des stratégies de santé publique et,
• au pire, servir pour la prochaine pandémie.

Le groupe de travail comprend actuellement plus de 100 personnes, et le “public” est actuellement national. Plusieurs exposés se sont tenus, un forum de discussion et un site de dépôt de publications est associé. Des actions ont été entreprises en particulier grâce à la participation active d’ingénieurs de l’institut Carnot Smiles qui dès le début ont consacré une partie de leur temps de recherche sur des projets proposés par les chercheurs.

Parmi les directions explorées il y a

1) Modèle moléculaire (exemple : interaction surface virale/surface de la cellule...) et particulaire (ex. fixation des virus sur des particules atmosphériques)
2) Modèle de propagation (ajustement avec des données à différentes échelles)
3) Adaptation à la France (modèles régionaux, acquisition de données, voyages en train, en avion, en voiture…)
4) Modèles d’évolution des virus (lien avec les histoires précédentes et éventuellement différences de pathogénicité — aspect virus centré)
5) Modèle d’interaction virus hôte (expliquant les différences de pathologies entre différents clusters — aspect malade centré)

Ce travail doit être réalisé

• au plus vite, pour recenser et évaluer l’état de l’art dans ce contexte particulier de l’épidémie du corona-virus
• au plus près des chercheurs des autres disciplines qui ont une connaissance des différents développements de la maladie pour comprendre comment les modéliser
• en étant informé au mieux de la réalité des données de terrain pour les assimiler
• au plus conscient de l’ensemble des réalités, médicales/sanitaires/économiques
• de la façon la plus didactique possible pour proposer des outils de décision de politique sanitaire les plus éclairés

Liste des exposés passés :

Nous remercions chaleureusement ces collègues pour avoir, au pied levé et dans des conditions difficiles avoir accepté de partager leur connaissances.

Lien vers la playlist YouTube

• Gabriel Turinici "Propagation des coronavirus : particularités et modélisations mathématiques"

• Dirk Drasdo "Framework for spatial stochastic epidemiological modeling"

• Olivier GASCUEL "Un point de vue phylogénétique sur les mutations des virus"

• Antoine Danchin "Ressources métaboliques en 1D/2D/3D : les cellules doivent résoudre la croissance relative non-homothétique de leur cytoplasme (3D), de leur membrane (2D) et de leur génome (1D)" [m4a (37MB)] [mp4 148MB)] [YouTube] [pdf]

• Todd Parsons "The persistence of emerging pathogens" [mp4 105MB)] [YouTube] [pdf]

• Josselin Garnier "Quantification d’incertitudes bayesienne pour les modèles de propagation d’épidémie de type covid19 " [m4a (25MB)] [mp4 60MB)] [YouTube]

• Lionel Roques "Mechanistic-statistical SIR modelling for early estimation of the actual number of cases and mortality rate from COVID-19” [m4a (25MB)] [mp4 226MB)] [YouTube]

• Ramsès Djidjou-Demasse "Contrôle optimal de l’épidémie de COVID-19 en absence d’interventions pharmaceutiques". [pdf] [YouTube]

• Amaury Lambert "Arbres aléatoires : généalogie des virus, généalogie des infections" [pdf]
  [m4a (29MB)]

• Anna Zhukova "Birth-Death Exposed-Infected model in viral phylodynamics, and its application to COVID-19”

• Maud Thomas - Mardi 14 Avril à 9h30 Prédiction d’épidémies de grippe extrêmes en France [pdf] [YouTube]

• Luca Ferretti - Jeudi 16 Avril matin Quantifying SARS-CoV-2 transmission suggests epidemic control with digital contact tracing
  [pdf] [YouTube]

• Pierre Magal - Mardi 21 avril à 10h00 "Understanding unreported cases in the COVID-19 epidemic outbreak and the importance of major public health interventions" [pdf] [YouTube]

• Vincent Marechal - Vendredi 24 avril à 9h30 "Sars-cov2 : quel peut être l’apport du virologue dans une approche intégrée ? [YouTube]

• Romuald Elie - Lundi 27 avril à 9h30 "Contact rate epidemic control of COVID-19 : an equilibrium view" [YouTube]

• Jean Philip Piquemal- Jeudi 30 avril à 15h
  "Simulations haute résolution des composantes du Sars-Cov-2 : dynamique moléculaire et calcul haute performance" [YouTube]

• Pierre AUGER et Ali MOUSSAOUI - Lundi 4 mai à 9h30 "Prediction of confinement effects on the number of Covid-19 outbreak in Algeria" [pdf] [YouTube]

• Luis Alvarez Miguel Colom et Jean-Michel Morel - jeudi 7 mai à 15h "An empirical algorithm to forecast the evolution of the number of COVID-19 symptomatic patients after social distancing interventions" [pdf] [YouTube]

• Stéphane Zaleski - lundi 11 mai à 9h30 "Contamination par aérosols nanométriques et micrométriques" [pptx] [YouTube]

• Tahar Boulmezaoud -Jeudi 14 mai à 14h30
  "Un nouveau modèle pour prédire l’évolution de la pandémie de Covid-19 et une stratégie zig-zag pour la contrôler." [pdf] [YouTube]

Pas d’exposés du 18 au 22 mai en raison du colloque "Modeling the propagation of Covid-19"

• Jacques Demongeot - Vendredi 29 mai à 9h30 "Mécanisme d’action et de diffusion du covid-19 : la virulence, du génome à la contagion"
  [YouTube]

• Leo Perrin - Mardi 2 juin à 9h30 "On Bluetooth-Based Contact-Tracing Smartphone Applications (Principles and Controversies)”. [pdf]
  [YouTube]

• Alberto d’Onofrio - Lundi 8 juin à 9h30 "Behavioural Epidemiology of Infectious
  Diseases” [Preprint] [pdf]
  [YouTube]

• Henri Berestycki -Jeudi 11 juin a 14h30 “Systèmes de réaction-diffusion en épidémiologie” [YouTube]

• Stéphane Gaubert - Lundi 15 juin à 9h30 "Forecasting the local progression of the Covid-19 epidemic from medical emergency calls : the example of the Paris area" [Preprint] [YouTube]

• Olivier Lopez - Lundi 22 Juin à 9h30 "D’un virus à l’autre : la modélisation de l’impact d’un cyber-ouragan pour la cyber-assurance" co-auteure : Caroline Hillairet (CREST, Ensae IP-Paris) [pdf] [YouTube]

• Emmanuel Schertzer - Jeudi 25 Juin à 9h30 "Probabilistic models related to the COVID-19 pandemic" [pdf] [YouTube]

• Amaury Lambert - lundi 29 juin à 9h30 On the efficiency of quarantining and contact tracing in curbing the COVID-19 epidemic
  [Preprint] [pdf] [YouTube]

• Bastien Mallein - Lundi 6 Juillet à 9h30,
  au sujet de l’article avec Vincent Brault et Jean-François Rupprecht
  <https://arxiv.org/abs/2005.06776>
  "Modélisation de PCR et méthode de pooling pour des mesures épidémiologiques”. [pdf] [YouTube]

• Olivier Thomine - Jeudi 9 Juillet à 14h30 "Epidemap : une approche individu-centrée couplée à la répartition démographique pour l’étude de la propagation d’épidémies" [pdf]
  [YouTube]

Liste des exposés à venir :

• Arun Gautham Chandrasekhar - en septembre
  [pdf]