Titre : des contraintes systémiques à la prédiction mathématique des structures de régulation des cellules bactériennes :  une nouvelle approche s'appuyant sur de l'optimisation convexe.

Résumé: le parallélisme entre l'évolution/la sélection naturelle  et  l'optimisation/théorie du contrôle et des  jeux  est  très classique dans le cadre de la mathématisation du vivant.
Dans ce cadre,  l'une des questions centrales  est d'arriver à  un compromis satisfaisant entre réalisme de la formulation (modélisation)  et la  solvabilité  théorique (ou pratique) du problème.
Évidement, cela n'est pas simple,  et à défaut d'un bon compromis,   la solution du problème d'optimisation  ne recoupera  que peu  la réalité biologique conduisant à un degré insuffisant de généralité de la formulation du problème, et donc à in fine un  " faible pouvoir explicatif"
de la formulation retenue.
Nous montrerons dans une première partie de cette exposé  comment  il est possible de formaliser une partie "des contraintes"  agissant sur une bactérie en phase de croissance exponentielle comme un   problème d'optimisation convexe.
Ce nouveau cadre,   appelé RBA (Resource Balance Analysis),   permet  non seulement de prédire  le taux de croissance optimal  pour un milieu de culture donnée,
mais aussi et surtout   la répartition 'optimale'   des ressources  disponibles aux différents sous-systèmes bactériens  (principalement en terme d'allocation de protéines).

Dans une seconde partie,  nous montrerons l'intérêt de ce nouveau cadre en  confrontant les prédictions  qu'il permet à la réalité biologique.   A cette fin, nous insisterons  en particulier sur  la capacité de ce nouveau cadre à prédire
les configurations optimales du réseaux de régulation effectivement présentes dans la  bactérie,  en confrontant de façon systématique les prédiction à celles présentes dans  la bactérie  Bacillus  subtilis.