Sujet du stage : Adaptation des méthodes d'évaluation génomique sur GPGPU Contexte Le séquençage des génomes a ouvert la voie à l’utilisation de cartes génétiques de très haute densité pour l’analyse de la variabilité génétique des caractères complexes chez les espèces d’élevage. Au sein du Département de Génétique Animale de l’INRA, il s’ensuit une évolution forte et rapide des concepts, outils et méthodes, pour la prise en compte des données de génotypage à haut débit. Ce stage s'inscrit dans la continuité des développements logicielles adaptés aux nouvelles stratégies de calculs intensifs réalisés par les généticiens méthodologistes et informaticiens du Département Génétique Animale. Mission du stage Le stagiaire aura pour mission d'implémenter des algorithmes d'évaluation génomique sur des architectures GPGPU. L'étudiant devra acquérir les compétences techniques liées au développement de ce type d'architecture (langages OpenCL et CUDA) durant le stage. Ces implémentations devront être intégrées dans une plateforme logicielle pour le projet ANR (Agence nationale pour la recherche) UtOpIGe. Ce projet a pour objectif de fournir les informations nécessaires à la mise en place d'une sélection génomique dans les schémas de sélection pyramidaux. Le stagiaire devra implémenter une des deux méthodes largement utilisées par la communauté : la méthode de prédiction lineaire GBLUP (Genomic Best Linear Unbiased Prediction) et la méthode bayésienne BayesCPπ. Profil/Compéténces - UML - C++,C - Developpement GPGPU : Cuda ou OpenCL - Environnement Multithread OpenMP Nous recherchons un stagiaire débutant dans le cadre d'un stage rémunéré de fin d'étude pour une durée de 6 mois minimum. Le stage aura lieu à Rennes sur le site d'Agrocampus Ouest (http://www.agrocampus-ouest.fr/) et sera sous la responsabilité d'un ingénieur informaticien. Ce stage s’adresse aux futurs diplômé(es) Bac + 5 en informatique désirant travailler dans un environnement de recherche et capable d'interagir avec des biologistes et des mathématiciens dans un contexte interdisciplinaire. Laboratoire d'accueil : UMR INRA Agrocampus Ouest, 65, rue de St Brieuc, CS 84215, 35042 Rennes Cedex, France Responsable du stage : Olivier Filangi olivier.filangi@rennes.inra.fr, Tel : 02 23 48 54 70 -- Filangi Olivier TEL : 02.23.48.59.63 Batiment 18 unité 598, UMR INRA/AgroCampus Rennes, Génétique Animale 35042 Rennes